无菌室由五部分组成:准备室、更衣室、缓冲室、无菌室和普通实验室。这些房间的共同特点是要求地面和墙面光滑坚硬，仪器设备陈设简单，便于清洁。下面是无菌室设计的一些要求。
1.工作室要矮平，面积一般4m2左右，高2.2-2.3m，内部装修要平整光滑，无凹凸不平或棱角等。墙壁和屋顶应采用不透水的材料，便于擦洗和消毒。
2.室内采光面积大，可以从外面看到室内情况。
3.为保证无菌室的洁净度，应在无菌室周围设置缓冲走廊，并在走廊旁设置缓冲室，缓冲室的面积可小于无菌室的面积。
4.无菌室、缓冲走廊、缓冲间配有荧光灯和紫外线灯，用于空气消毒。消毒紫外灯宜距离工作台1米，其电源开关应设在室外。
5.无菌室和缓冲室的出入口应设推拉门，与窗户平齐，门应密封严密。两扇门要错开，避免空气对流造成污染。